南宋时期

南宋绍兴三十年（1160年），在拉萨、雅隆澎波一带，四集团互相攻杀。连续不断的战争，不但给拉萨地区藏民的生命财产和农牧业生产带来很大危害，还烧毁了大昭寺、小昭寺的一部分，损失严重。此后不久蔡巴喝举于拉萨一带崛起，逐步取代了其它地方势力在拉萨的地位。南宋嘉熙三年、元太宗十年（1239年），蔡巴噶举派派使臣到蒙古地区展开外交，中国皇帝元世祖忽必烈赐蔡巴庄园属民3700户。

元朝时期

元朝初年（13世纪中叶），划分卫藏十干万户，蔡巴被归为3个万户之一。蔡巴万户作为拉萨一带的重要势力，在拉萨发展的历史中起过重大作用，也有过不少建树。它不但建有蔡巴寺、贡唐寺，而且蔡巴噶举的创始人向·尊珠扎巴、他的门徒和历代蔡巴万户长还长期悉心管理着大昭寺，并多次对大昭寺进行整修。还曾组织力量疏通水道、加固河堤，一度使城市得以复兴。

明朝时期

明永乐七年（1409年），著名的黄教始祖宗喀巴在拉萨创立了第一次祈愿大法会，同年他在拉萨以东的旺古山上兴建了格鲁派的第一座大寺院——甘丹寺，黄教寺院得到发展。

明永乐十四年（1416年），宗喀巴的弟子降央曲吉·扎西贝丹在大贵族柳梧·南喀桑布的资助下，在拉萨西郊约10千米外的地方修建了哲蚌寺。

明永乐十七年（1419年），宗喀巴的另一个弟子降青曲吉在拉萨北郊修建了色拉寺。格鲁派以这三座大寺为基地，不断壮大自己的势力。

明弘治年间（约十六世纪初），宗喀巴大弟子吉尊·喜绕憎格专门研习密宗，在拉萨建立了密宗学院即下密院。后来贡嘎顿珠又在密宗学院的上部另建了上密院，形成著名的上、下密院。在以后的一段时期内，喜绕僧格还先后在色拉寺山上的色拉群丹处、蔡公堂，达孜县的德钦桑昂卡尔，墨竹工卡县的吉米次和彭波竹结等拉萨郊区继续修建了一些类似的寺院。从此，拉萨佛教兴盛不已。明朝还在西藏边界开设了一些茶马互市，内地的纸张、丝绸、茶叶等通过茶马互市进入西藏，西藏的牛、羊、马交换到内地，内地与西藏边地经济上的往来非常密切。